El programa de Microbiología Industrial de la UDES, está adscrito a la Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. La Microbiología Industrial estudia a los microorganismos a través de diferentes tecnologías para obtener beneficio tanto para el hombre como para el ambiente. Este beneficio puede darse a partir de innumerables productos de interés industrial, agrícola, pecuario, y ambiental o en la obtención de servicios en el manejo y tratamiento de diferentes residuos de origen urbano, industrial o agropecuario. La formación de Microbiólogos en la UDES, pretende que el profesional sea integral y pueda desarrollarse en actividades como investigación, desarrollo de bioprocesos, gestión de la calidad, análisis microbiológico y ante todo que pueda ser creador de empresa.